แมลงวันเป็นสัตว์ที่มีวัฏจักรชีวิตแบบสมบูรณ์ (Complete Metamorphosis) โดยวงจรชีวิตของแมลงวันแบ่งออกเป็น 4 ระยะ ดังนี้:

1. ระยะไข่
   หลังจากการผสมพันธุ์ แมลงวันตัวเมียจะวางไข่ในพื้นที่ที่มีแหล่งอาหาร เช่น ขยะ หรือสารอินทรีย์ที่กำลังเน่าเปื่อย ไข่ของแมลงวันมีขนาดเล็ก ลักษณะสีขาว และจะใช้เวลาประมาณ 8-24 ชั่วโมงก่อนที่จะฟักออกเป็นตัวหนอน

2. ระยะหนอน (Maggot)
   หลังจากฟักออกจากไข่ หนอนแมลงวันจะเริ่มกินอาหารที่อยู่รอบๆ พื้นที่ที่ไข่ถูกวางไว้ ซึ่งส่วนใหญ่เป็นสารอินทรีย์ที่เน่าเสีย หนอนแมลงวันมีรูปร่างคล้ายท่อ มีสีขาว ระยะนี้จะกินอาหารมากเพื่อสะสมพลังงาน ใช้เวลาประมาณ 5-7 วันจนหนอนเข้าสู่ระยะต่อไป

     3. ระยะดักแด้ (Pupa)
เมื่อหนอนโตเต็มที่ จะหยุดกินและเคลื่อนย้ายไปยังที่ปลอดภัยเพื่อเปลี่ยนเป็นดักแด้ ในระยะดักแด้ แมลงวันจะอยู่ภายในเปลือกแข็งซึ่งมีสีน้ำตาล ระยะนี้จะใช้เวลาประมาณ 3-5 วัน ซึ่งเป็นช่วงที่ร่างกายของหนอนจะเปลี่ยนแปลงเป็นแมลงวันตัวเต็มวัย

    4. ระยะตัวเต็มวัย (Adult)
หลังจากออกจากดักแด้ แมลงวันตัวเต็มวัยจะมีปีกและพร้อมที่จะผสมพันธุ์ วงจรชีวิตของแมลงวันโดยรวมใช้เวลาประมาณ 2-3 สัปดาห์ ขึ้นอยู่กับสภาพแวดล้อม